两万将士去覆舟山（在今南京太平门西侧）以抵抗刘裕的义军。

初二，义军食毕丢掉余粮，挺进覆舟山东侧，派老弱登山多设旗帜作疑兵。桓谦的士兵多是过去的北府兵，他们一向畏服刘裕，如今见如此形势，都没有了斗志。刘裕身先士卒，与将士们殊死作战，无不以一当百，呐喊之声惊动京都，桓谦军大败。

桓玄事先就在石头城（故址在今南京市清凉山）下备好船只准备随时逃走，现在见如此败势，就以赴战为名带着他的亲属和数千亲信，出南掖门后西奔石头城，然后下大江向西逃去，义军乘胜追击。石头城背山面江，其时江流紧迫山麓，城南临秦淮河口，地处交通要冲，是京都建康的军事重镇。

初三，刘裕镇守石头城，立留台百官。古称皇家禁城为台城，此时安帝已经被桓玄流放到寻阳，义军就在建康设立临时机构和百官。众人推举刘裕为使持节、都督扬州徐州等八州诸军事、领军将军、徐州刺史；随后义军又任命刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹杨尹，刘道规为义昌太守。

初十，刘裕回镇东府（宰相及扬州刺史的府第，在今南京通济门附近，临秦淮河）。

既掌控京都，刘裕就把朝政要务都交给刘穆之处理，事无大小，也都向他咨询；为重振纲纪，刘裕以身作则，内外百官肃然奉职，不过十日，拨乱反正：原先的混乱局面一时顿改。

桓玄逃到寻阳，江州刺史郭昶之在器具和兵力上资助他，他又逼迫被流放的安帝和自己一道向江陵逃去，冠军将军刘毅和辅国将军何无忌、振武将军刘道规率军追赶。

到了江陵，桓玄广泛招募士兵，并大造战船、器械，四月底，他又率领两万将士，挟持着安帝顺江而下开始反扑，在峥嵘洲（在今湖北鄂州境内的长江中）与刘毅的军队相遇。刘毅的军队乘风纵火，尽锐争先，桓玄大败，不得不烧了辎重连夜西逃。到了江陵，桓玄准备逃往西蜀，被益州督护冯迁杀死。刘毅把他的级传到京都，枭朱雀航（故址在今南京市镇淮桥稍东）。朱雀航又作“朱雀桥”“朱雀桁”，又称“南航”“大航”，跨秦淮河上，航长九十步，宽六丈，有警则撤航为备，是京都的城南门户。

直到次年正月，刘毅才攻破桓氏余党占据的江陵；到了五月，以桓振为的诸桓残余被彻底平定。

在刘毅等攻破桓氏余党占据的江陵时，安帝才上了刘道规的战船，然后下诏大赦，改元为义熙。

三月，安帝回到建康，以刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史如故，刘毅为左将

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